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CancerSEEK:一種可檢測8種常見癌癥的新方法

更新時間:2019-08-12      瀏覽次數(shù):1220

  一項名為CancerSEEK的新的血液檢測方法可以鑒定8種常見癌癥:卵巢癌,肝癌,食道癌,胰腺癌,胃癌,結(jié)直腸癌,肺癌和汝腺癌。

        CancerSEEK測量16個基因的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)以及8個蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物。

        研究人員表示,將選定的生物標(biāo)志物聯(lián)合使用以進(jìn)行早期癌癥檢測,有可能改變篩查癌癥的方式,并且基于使用藥物組合來治療癌癥的相同原理。

        未來,血液檢查可以用來早期發(fā)現(xiàn)癌癥,以便通過手術(shù)來治療。即使是不能通過手術(shù)治愈的癌癥,當(dāng)疾病發(fā)展緩慢的時候,對全身治療的反應(yīng)也會更好。

        這項研究于2018年1月18日在線發(fā)表在Science上。

        研究試驗還在初期。要真正確立CancerSEEK的臨床實用性并證明其可以拯救生命,就需要對大量人群中所有癌癥類型進(jìn)行前瞻性研究。

        這項研究為多種類型的癌癥的單一、多分析物血液檢驗奠定了概念和實踐基礎(chǔ)。

        研究人員估計,這個單一測試的成本將低于500美元。如果情況確實如此,那么這種血液檢查較便宜和方便,相對于目前的篩查檢查,如結(jié)腸鏡檢查和乳房X光檢查。

CancerSEEK

        這項分類方法的一個新穎之處在于它將觀察到的各種DNA突變可能性與幾種蛋白質(zhì)水平結(jié)合起來,以便做出后結(jié)果。

        從初研究數(shù)百個基因和41種可能在轉(zhuǎn)移之前檢測到癌癥的蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物開始,研究人員就對16個基因的區(qū)段進(jìn)行了研究,并分析了8種蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物水平。

        這8種蛋白質(zhì)是癌抗原125,癌胚抗原,癌抗原19-9,催乳素,肝細(xì)胞生長因子,骨橋蛋白,過氧化物酶和金屬蛋白酶1組織抑制劑。

        CancerSEEK的個組成部分是從血樣中獲得的ctDNA的突變。研究人員從血漿中純化DNA,使用強大的61-擴增子板多重聚合酶鏈反應(yīng)擴增樣本,檢測血漿ctDNA中預(yù)期的罕見突變。

        設(shè)計了61對引物,從16個基因中擴增目標(biāo)區(qū)域的66至80個堿基對的DNA片段。用DNA條形碼*地標(biāo)記擴增的產(chǎn)物,并將其與癌癥數(shù)據(jù)庫中的體細(xì)胞突變目錄中存在的參考序列或預(yù)測為在腫瘤抑制細(xì)胞中失活突變的參考序列匹配。

        研究人員表示,保持突變體小是必要的,以盡量減少假陽性結(jié)果。

        CancerSEEK的第二個組成部分是確定8個癌癥蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物的水平。據(jù)研究人員介紹,將這種成分結(jié)合混合物的原因是因為“早期腫瘤不能釋放可檢測量的ctDNA,即使使用敏感的技術(shù)來鑒定它們”。

        所選的8種蛋白質(zhì)可以通過單一免疫測定平臺進(jìn)行重復(fù)評估。

CancerSEEK

        研究人員招募了1,005例I~I(xiàn)II期卵巢、肝臟、食道、胰腺、胃、結(jié)直腸、肺、或乳房未曾手術(shù)的癌癥患者?;颊叩闹形荒挲g為64歲。常見的階段是癌癥II期(49%);20%患者癌癥I期;31%患者癌癥III期。

        該研究還包括812名沒有癌癥病史的健康人(中位年齡55歲)作為對照人群。

        如果患者曾接受過新輔助治療,切除后確定患有IV期疾病,或在麻醉狀態(tài)下抽取了血液,這些患者則被排除在研究之外。

        在癌癥患者接受手術(shù)切除前采集外周血。

        使用CancerSEEK血液檢測來檢測16個基因的2001基因組位置中的突變。使用確定39種蛋白質(zhì)(包括8種蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物)水平8組進(jìn)行基于Luminex珠為基礎(chǔ)的免疫測定。

        如果16個基因之一的突變頻率或8個蛋白之一或其組合之一的突變頻率相對于對照群體顯著升高,則將患者的檢測結(jié)果分類為陽性。

        該算法然后使用機器學(xué)習(xí)工具和統(tǒng)計分析來確定10次的10倍交叉驗證的中位敏感性和特異性。

        研究人員指出,篩查的重要的特征之一是能夠在早期發(fā)現(xiàn)癌癥。

        CancerSEEK的中位敏感性對于II期癌癥為73%,對于III期癌癥為78%,對于I期癌癥為43%。

        對于I期癌癥,高敏感性是肝癌(100%),低是食管癌(20%)。

        8種常見癌癥的中位總敏感性為70%,這8中癌癥占美國癌癥死亡人數(shù)的60%以上。敏感性卵巢癌高為98%,汝腺癌低為33%。

        目前尚沒有進(jìn)行篩查檢查的癌癥為卵巢癌、肝癌、胃癌、胰腺癌和食管癌 ,敏感度在69%?98%之間。

        CancerSEEK的特異性> 99%,在812名健康人的對照人群中有7人發(fā)現(xiàn)陽性得分。

        研究人員表示,對于檢測為陽性的7名健康個體,這些結(jié)果被假定為假陽性。然而,他們可能患有一種未確診的癌癥,且無癥狀。

確定癌癥起源組織

        為了確定陽性CancerSEEK檢驗結(jié)果的患者的起源組織,研究人員設(shè)計了一種算法,其考慮了ctDNA,8種蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物中的任何一種的水平以及由免疫測定法小組確定的31種其他蛋白質(zhì)的水平,和病人的性別。在這項分析中,食管癌和胃癌患者被歸類在一起,因為兩種情況下內(nèi)窺鏡檢查都是佳的隨訪方法。

        這種算法應(yīng)用在626例CancerSEEK評分陽性癌癥患者上,且沒有使用任何其他信息。研究人員能夠?qū)⒒颊叩钠鹪唇M織定位在在兩個解剖部位的中位數(shù)為83%的患者,單個器官的為中位數(shù)為63%患者。

        研究人員表示,鑒于驅(qū)動基因突變通常不是組織特異性的,絕大多數(shù)的定位信息都來源于蛋白質(zhì)標(biāo)記。結(jié)直腸癌的準(zhǔn)確性高(84%),肺癌低(39%)。

        這種多分析物測試并不意味著其取代其他非血液基礎(chǔ)的篩查測試,如汝腺癌或結(jié)腸直腸癌的篩查,而是提供更多信息,幫助識別可能患有惡性腫瘤的患者。

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